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使用第 2 代英特尔至强可扩展处理器的 HPC 复合基准性能 — STREAM、HPL 和 HPCG

Summary: 请参阅使用第二代英特尔®至强®可扩展处理器-HPL 和 HPCG 的综合基准性能的 HPC 相关信息。

This article applies to This article does not apply to This article is not tied to any specific product. Not all product versions are identified in this article.

Symptoms

Savitha Pareek、Varun Bawa、& Ashish K Singh HPC 和 AI 创新实验的文章6月 2019

2nd第3代 intel®至®强 Skylake 可扩展系列处理器(体系结构 codenamed – 级联)Dell EMC 的 HPC 工程团队有权访问一些工程测试单元,并且该博客显示了我们的初始基准调查结果。

本博客的目的是说明和分析最新的 Intel®至强®可扩展系列处理器上获得的性能,并将性能与其前代系统进行比较。我们为分析选择了流、HPL 和 HPCG 基准。此调查重点介绍单个和多个节点的性能影响。这些测试在 Dell EMC PowerEdge C6420 (单节点研究)和 PowerEdge R740 (多节点研究)上执行,并提供 HPC 工作负载的建议 BIOS 设置。级联 Lake 处理器附带了许多增强功能,例如Intel®深厚的深入学习增强(INTEL DL 提升)以及 VNNI、更高的内存带宽,以及增加了向量浮点性能和效率。

Cause

 

Resolution

表 1:Testbed 信息

服务器

 PowerEdge C6420   PowerEdge R740

处理器

单节点配置

多节点配置

服务器-PowerEdge C6420 & PowerEdge R740

服务器 PowerEdge R740

Skylake –

Intel 至强® 6142 [16C@2. 6GHz]

Intel 至强® 6130 [16C@2. 1GHz]

Intel 至强® 8180 [28C @ 2.5 GHz]

级联 Lake –

Intel 至强® 8268 [24C@2. 90GHz]

级联 Lake –

Intel 至强® 6242 [16C @ 2.8 GHz]

Intel 至强® 6230 [20C@2. 1GHz]

英特尔至强® 8280 [28C @ 2.7 GHz]

内存

级联 Lake 测试-192GB-12 x 16 GB 2933 MT/s DDR4

Skylake test – 192GB-12 x 16 GB 2933 MT/s DDR4 (活动 2666 MT/s)

操作系统

Red Hat Enterprise Linux 7.6

内核版本

3.10.0-957.el7.x86_64

BIOS 选项

Turbo = 已启用,逻辑处理器 = Disabled,SubNumaCluster = Enabled,虚拟化技术 = 已禁用。

InfiniBand

采用 IFS 10.9.2 的 Intel 全路径

编译器

Intel 并行 Studio XE 2018 更新4

应用程序

测试

版本

测试配置

HPL

高性能 LINPACK —计算

Intel MKL Graphics 2018 U4

问题大小-总内存的90%

HPCG

高性能共轭式渐变—计算 

Intel MKL Graphics 2018 U4

问题大小-336 x 336 x 336

内存带宽

5.4

Triad

         

已进行测试来量化以下两种情况:

  • 从 Skylake 到级联 Lake 的单个节点的性能改进
  • 单节点与多节点相比的性能改进

为了获得 Intel 级联 Lake 和 Skylake 上的峰值内存带宽性能,我们选择了 基准,这是 HPC 域中实际的行业标准基准,用于衡量可持续的内存带宽(以 GB/s 为单位)。TRIAD 值已用于比较内存带宽。

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Figure1: 流– Skylake 与级联 Lake

在级联 Lake 支持 2933MT/s 时,Skylake 支持的最大内存频率为 2666MT/s,这意味着使用级联 Lake 的内存频率提高10%。根据图1,级联的 Lake 处理器显示的内存带宽相对于 Skylake 的更多。每个核心的内存带宽取决于特定的处理器 SKU。由于有些级联 Lake Sku 具有相对于 Skylake 的更多核心,因此每个 core 的内存带宽比较与总内存带宽比较不同。如图1所示,8280和6242的内存带宽越高,比各自的前置任务高出7%。但是,6230每核相对于6130的内存带宽降低了11%,因为内核的6230增加25%。对于内存带宽敏感的应用程序来说,每个核心的内存带宽可能是一个重要因素。

LINPACK -

我们测定了使用 Intel LINPACK 的处理器的计算能力。在数据块大小(NB)为384时,问题大小(N)为系统内存的90%。此处介绍的是级联 Lake 处理器的性能和扩展。

Skylake 与级联 Lake 

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图 2:LINPACK 性能(Skylake 与级联 Lake)

根据图2,LINPACK 显示了高达15% 的级联 Lake 处理器。此比较基于 CPU 型号、比较 Skylake 及其在英特尔至强®可扩展系列的后续任务。Intel 至强®6230,每个插槽4个内核的6130性能提高了15%,同时,8280和6242具有相似的核心数,因为其 CPU 基本频率增加,并且内存带宽越高,因此性能得以提高。

多节点性能— 对于多节点研究,我们使用了 PowerEdge R740 服务器的8节点群集和英特尔至强®8268,并为1、2、4和8个节点捕获了结果。表2中提及了其余的系统配置。

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                                                图 3:具有 8268 @ 2.90 GHz 的多节点 LINPACK 性能

如图3所示,单个8268节点的 LINPACK 性能是 3059 GFLOPS,23946 GFLOPS for 8 节点,这意味着 7.83 X 从1节点扩展到8个节点。单个节点的效率为 ~ 69%,在2、4和8个节点上为 ~ 67%。从1节点到2个节点的效率下降;但是,这种可扩展性大多数情况下都是线性的。               

HPCG 基准

HPCG 基准基于共轭渐变规划求解,其中调节器是具有 Gauss-Seidel 的三级分层多网格(MG)方法。

HPCG 基准在3D 域中的每个网格点使用27点模具构造一个逻辑上的全局分布式稀疏线形系统,该点上的方程式(i,j,k)取决于其值和26个周围的 neighbours。通过基准计算得出的全局域为(NRx * Nx) X (NRy * Ny) X (NRz * Nz),其中 Nx、Ny 和 Nz 是本地子网格的尺寸,分配给每个 MPI 进程并且 MPI 秩数为 NR = (NRx X NRy X NRz)。

对于我们的分析,我们将多个测试划分为2个类别—

Skylake 与级联 lake - 在本部分中,我们通过使用 HPCG 性能将 Skylake 与级联 lake 进行比较。 我们利用了336 ^ 3的网格大小,占用的总系统内存超过1/4。每个节点的 MPI 进程数和线程数取决于最大结果和内存利用率。

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图 4:HPCG 性能(Skylake 与级联 Lake)

根据图4,我们通过级联的 HPCG 性能改进,在其前置下处理。由于 HPCG 是更多的内存绑定应用程序,因此,级联 Lake 处理器的性能改进是与流基准的结果相比,其中6230比6130更高,6142 6242 比8280更快7%。   

带有多节点的 HPCG — 用于多节点基准测试,我们选择了336 ^ 3和最佳 MPI 流程以及 OpenMP 线程组合的本地尺寸网格大小。

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图 5:使用级联 Lake 的多节点 HPCG 性能

图5显示了采用级联 Lake 8268 @ 2.9 GHz 的 HPCG 的性能,并且最多可扩展到8个节点。HPCG performance 43GFLOPS for single node and 84GFLOPS for 双节点,这意味着具有两个节点的 1.96 X 性能改进。随着我们与4和8个节点一起向前移动,性能提升至 7.7 X。          

结论

使用级联 Lake 处理器的情况下,PowerEdge 系统现在可以通过此较新的版本处理器支持高达 2933 MT/s 的内存速度。采用级联 Lake 处理器的测试4-15 在比较的 CPU 型号上的 HPL 和7-12% 中的 HPCG 提高了7-12% 的性能改进。从1到8个节点的级联 Lake 测试显示良好的可扩展性,就像我们过去的 Skylake。

此外,级联 Lake 引入了 VNNI 指令,可加快深入学习推导工作负载,使其在 本博客中进一步讨论。

在将来的工作中,我们打算评估级联 Lake 在不同 HPC 应用程序(如 WRF、NAMD、GROMACS、CP2K 和 LAMMPS)上的性能优势

Affected Products

High Performance Computing Solution Resources
Article Properties
Article Number: 000133009
Article Type: Solution
Last Modified: 18 May 2021
Version:  4
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